Quy hoạch giao thông vận tải tỉnh Khánh Hòa giai đoạn 2006 đến năm 2010, định hướng đến năm 2020 đã được HĐND tỉnh thông qua tại Nghị quyết số 34/2007/NQ-HĐND ngày 21/12/2007; được UBND tỉnh phê duyệt hành Kế hoạch triển khai tại Quyết định số 2031/QĐ-UBND ngày 18/8/2008 với hệ thống đường tỉnh gồm 33 tuyến đường tỉnh và 11 tuyến đường huyện bàn giao cho tỉnh quản lý với tổng chiều dài theo quy hoạch là 766,61km, tổng vốn đầu tư thực hiện là 7.527 tỷ đồng.
Hiện nay, với tổng số 586 km đường tỉnh và đường huyện theo hiện trạng chỉ đạt 76,41% so với quy hoạch đã được duyệt. Tổng số vốn các dự án đã và đang thực hiện là 12.254 tỷ đồng, trong đó tổng vốn các dự án đã triển khai là 1.628 tỷ đồng (16 dự án), tổng vốn các dự án đang triển khai là 6.946 tỷ đồng (7 dự án) và tổng vốn các dự án dừng triển khai là 3.681 tỷ đồng (9 dự án).
Qua quá trình thực hiện, trên cơ sở đề xuất của các địa phương, Sở GTVT đã tham mưu UBND tỉnh ban hành một số văn bản như Quyết định số 1671/QĐ-UBND ngày 28/6/2010; Quyết định số 1806/QĐ-UBND ngày 30/7/2012; Thông báo số 448/TB-UBND ngày 24/12/2012 thực hiện điều chỉnh chiều dài và chỉ giới một số tuyến như đường ĐT.653, ĐT.653G, ĐT.653E, ĐT.656, ĐT.652, ĐT.652C, ĐT.651D, ĐT.652B, đường Xóm Mới – Cam Thịnh Tây (ĐH), đường Mỹ Ca – Vĩnh Cẩm (ĐH).
Theo điều 7 tại Nghị định số 92/2006/NĐ-CP ngày 07/9/2006 về lập, phê duyệt và quản lý quy hoạch tổng thể phát triển kinh tế - xã hội, quy định thời hạn xem xét điều chỉnh quy hoạch tổng thể phát triển kinh tế - xã hội theo định kỳ 5 năm một lần, Quy hoạch giao thông vận tải tỉnh Khánh Hòa giai đoạn 2006 đến năm 2010, định hướng đến năm 2020 sẽ thực hiện điều chỉnh trong năm 2013. Tuy nhiên, do Quy hoạch tổng thể phát triển kinh tế - xã hội tỉnh Khánh Hòa đến năm 2020 được Thủ tướng Chính phủ phê duyệt tại Quyết định số 251/2006/QĐ-TTg ngày 31/10/2006 đến nay chưa được điều chỉnh nên Quy hoạch giao thông vận tải tỉnh Khánh Hòa vẫn chưa có cơ sở để điều chỉnh.
Quy hoạch chi tiết giao thông đường thủy nội địa tỉnh Khánh Hòa giai đoạn đến năm 2020 được UBND tỉnh phê duyệt tại Quyết định số 532/QĐ-UBND ngày 28/02/2008. Trong đó tổng số tuyến đường thủy nội địa được quy hoạch đến năm 2020 là 82 tuyến với tổng chiều dài là 1.064km và 84 bến đường thủy nội địa. Hiện nay những nội dung quy hoạch vẫn còn phù hợp nên Sở Giao thông Vận tải nhận thấy chưa cần thiết phải điều chỉnh lại quy hoạch.
Quy hoạch các vị trí đấu nối đường ngang vào quốc lộ trên địa bàn tỉnh Khánh Hòa đã được Bộ Giao thông Vận tải thỏa thuận tại Công văn số 3593/BGTVT-KCHT ngày 02/6/2010 và được UBND tỉnh Khánh Hòa phê duyệt tại Quyết định số 2003/QĐ-UBND ngày 05/8/2010. Với mục tiêu quản lý, sử dụng hành lang an toàn đường bộ các tuyến quốc lộ trên địa bàn tỉnh Khánh Hòa để đảm bảo an toàn giao thông và góp phần nâng cao năng lực khai thác trên các tuyến quốc lộ, hiện nay việc quản lý các điểm đấu nối theo quy hoạch thực hiện tương đối tốt. Sở GTVT cũng đã tham mưu UBND tỉnh thỏa thuận một số điểm đấu nối mới đảm bảo theo quy định để góp phần thúc đẩy phát triển kinh tế của doanh nghiệp và địa phương. Tuy nhiên, việc xóa bỏ các đường ngang không được đấu nối trực tiếp quốc lộ mà phải thông qua hệ thống đường gom được xây dựng dọc quốc lộ và nằm ngoài hành lang an toàn đường bộ hiện vẫn chưa triển khai do không có nguồn lực để thực hiện.
Hiện nay, Sở GTVT đang tổ chức lập Quy hoạch chi tiết hệ thống đường gom dọc quốc lộ trên địa bàn tỉnh Khánh Hòa nhằm triển khai chi tiết Quy hoạch các vị trí đấu nối đường ngang vào quốc lộ trên địa bàn tỉnh Khánh Hòa để đảm bảo thực hiện đúng lộ trình xóa bỏ các đường nhánh dọc quốc lộ theo quy hoạch đã phê duyệt; thực hiện công tác quản lý quỹ đất dọc quốc lộ, công tác cấp phép xây dựng được thuận lợi và đúng quy định pháp luật. Sở GTVT đang hoàn chỉnh các thủ tục thẩm định và phê duyệt vào cuối năm 2014.